截至2023年4月23日，清华大学正在运行的政府部门批准建立的科研机构共171个，分别如下：

国家研究中心（1）

• 北京信息科学与技术国家研究中心

国家重大科技基础设施（4）

• 国家蛋白质科学基础设施（北京基地）

• 地球系统数值模拟装置

• 未来网络试验设施

• 极深地下极低辐射本底前沿物理实验设施

国家大型科学仪器中心（2）

• 北京电子显微镜中心

• 北京电子能谱中心

全国（国家）重点实验室（18）

• 高端装备界面科学与技术全国重点实验室

• 新型电力系统运行与控制全国重点实验室

• 清华大学柔性电子技术实验室

• 智能绿色车辆与交通全国重点实验室

• 精密测试技术及仪器全国重点实验室

• 互联网体系结构全国重点实验室

• 清洁高效透平动力装备全国重点实验室

• 时空信息精密感知技术全国重点实验室

• 粒子输运与富集技术全国重点实验室

• 人因工程全国重点实验室

• 水圈科学与水利工程全国重点实验室

• 分子肿瘤学全国重点实验室

• 疑难重症及罕见病全国重点实验室

• 化学工程联合国家重点实验室

• 环境模拟与污染控制联合国家重点实验室

• 低维量子物理国家重点实验室

• 膜生物学国家重点实验室

• 新型陶瓷与精细工艺国家重点实验室

国家工程研究中心（实验室）（15）

• 神经调控国家工程研究中心

• 蛋白质技术国家工程研究中心

• 下一代互联网核心技术国家工程研究中心

• 大气污染物与温室气体协同控制国家工程研究中心

• 危爆物品探测技术国家工程研究中心

• 大数据系统软件国家工程研究中心

• 生物芯片北京国家工程研究中心

• 光盘系统及应用技术国家工程研究中心

• 工业锅炉及民用煤清洁燃烧国家工程研究中心

• 燃气轮机与煤气化联合循环国家工程研究中心

• 数字电视国家工程实验室（北京）

• 电子商务交易技术国家工程实验室

• 特高压工程技术（昆明、广州）国家工程实验室

• 工业酶国家工程实验室

• 城市轨道交通绿色与安全建造技术国家工程实验室

国家工程技术研究中心（3）

• 国家计算机集成制造系统工程技术研究中心

• 国家企业信息化应用支撑软件工程技术研究中心

• 国家道路交通管理工程技术研究中心（清华大学分中心）

国家原子能机构先进核反应堆技术创新中心（1）

• 国家原子能机构先进核反应堆技术创新中心

重大事故防控技术支撑基地（1）

• 城市安全重大事故防控技术支撑基地

国家国际科技合作基地（联合研究中心）（6）

• 新能源与环境国际研发中心

• 清华大学新材料国际研发中心

• 功能材料国际联合研究中心

• 中美清洁汽车技术国际联合研究中心

• 中拉清洁能源与气候变化国际联合研究中心

• 中俄航天航空创新技术国际联合研究中心

国家国际科技合作基地（示范型合作基地）（2）

• 摩擦学国家重点实验室国际科技合作基地

• 清华大学俄罗斯研究院

国家产教融合平台（1）

• 国家集成电路产教融合创新平台

“一带一路”联合实验室（2）

• 中国-印尼高温气冷堆“一带一路”联合实验室

• 中国-意大利先进制造“一带一路”联合实验室

习近平新时代中国特色社会主义思想研究院（1）

• 清华大学习近平新时代中国特色社会主义思想研究院

清华大学－北京大学生命科学联合中心（1）

• 清华大学－北京大学生命科学联合中心

教育部重点实验室（17）

• 生命有机磷化学及化学生物学教育部重点实验室

• 工业生物催化教育部重点实验室

• 应用力学教育部重点实验室

• 地球系统数值模拟教育部重点实验室

• 蛋白质科学教育部重点实验室

• 生物信息学教育部重点实验室

• 普适计算教育部重点实验室

• 粒子技术与辐射成像教育部重点实验室

• 信息系统安全教育部重点实验室

• 生态规划与绿色建筑教育部重点实验室

• 土木工程安全与耐久教育部重点实验室

• 先进成形制造教育部重点实验室

• 热科学与动力工程教育部重点实验室

• 先进反应堆工程与安全教育部重点实验室

• 先进材料教育部重点实验室

• 有机光电子与分子工程教育部重点实验室

• 数智肝胆病学教育部重点实验室

关键核心技术集成攻关大平台（1）

• 先进核能技术集成攻关大平台

前沿科学中心（1）

• 量子信息前沿科学中心（清华大学量子信息中心）

协同创新中心（3）

• 先进核能技术协同创新中心

• 出土文献与中国古代文明研究协同创新中心

• 燃气轮机省部共建协同创新中心

高校国际合作联合实验室（1）

• 高端装备创新设计制造国际合作联合实验室

教育部工程研究中心（8）

• 建筑节能教育部工程研究中心（清华大学建筑节能研究中心）

• 节能增效智能化技术与装备教育部工程研究中心

• 固体器件与集成技术教育部工程研究中心

• 清洁能源化工技术教育部工程研究中心

• 核电技术教育部工程研究中心

• 计算机网络技术教育部工程研究中心

• 公共安全与应急管理教育部工程研究中心

• 稀土新材料教育部工程研究中心

教育部野外科学观测研究站（2）

• 北方缺水地区典型下垫面生态水文教育部野外科学观测研究站

• 东亚迁徙鸟类与栖息地生态学教育部野外科学观测研究站

教育部－微软重点实验室（1）

• 媒体与网络技术教育部-微软重点实验室

教育部哲学社会科学实验室（1）

• 清华大学计算社会科学与国家治理实验室

教育部人文社会科学重点研究基地（4）

• 清华大学现代管理研究中心

• 清华大学技术创新研究中心

• 清华大学高校德育研究中心

• 清华大学出土文献与中国古代文明研究中心（清华大学出土文献研究与保护中心）

教育部高等学校软科学研究基地（1）

• 清华大学科教政策研究中心

教育部教育战略与规划研究中心（1）

• 教育部－清华大学教育战略决策与国家规划研究中心

国家级核应急专业技术支持中心（1）

• 国家核应急辅助决策技术支持中心

教育部-中国移动联合实验室（1）

• 车联网教育部-中国移动联合实验室

教育部中外人文交流中心（1）

• 清华大学中外人文交流研究中心

其他教育部科研基地（4）

• 国家服务外包人力资源研究院

• 教育部在线教育研究中心（清华大学大规模在线教育研究中心）

• 丘成桐数学科学中心

• 高校思想政治理论课思想道德修养与法律基础教材研究基地

中国科技部美国农业部联合研究中心（1）

• 中美生物燃料联合研究中心

生态环境部重点实验室（3）

• 国家环境保护环境微生物利用与安全控制重点实验室

• 国家环境保护生态工业重点实验室

• 国家环境保护大气复合污染来源与控制重点实验室

生态环境部工程技术中心（1）

• 国家环境保护技术管理与评估工程技术中心

文化和旅游部重点实验室（1）

• 传统工艺与材料研究文化部重点实验室

文化和旅游研究基地（3）

• 国家文化产业研究中心（清华大学文化产业研究中心）

• 文化和旅游研究基地（清华大学中国发展规划研究院）

• 清华大学文化经济研究院

民政部政策理论研究基地（1）

• 民政部政策理论研究基地（清华大学公益慈善研究院）

自然资源部工程技术创新中心（1）

• 智慧人居环境与空间规划治理技术创新中心

水利部重点实验室（1）

• 水利部水圈科学重点实验室

新闻出版业科技与标准重点实验室（1）

• 数字内容防伪与安全取证重点实验室

国家体育总局体育社会科学重点研究基地（1）

• 清华大学国家体育总局体育社会科学重点研究基地

网络空间国际治理研究基地（1）

• 网络空间国际治理研究基地

国家智能社会治理实验基地（1）

• 国家智能社会治理实验基地

安全生产技术支撑体系专业中心实验室（1）

• 国家安全技术支撑体系国家级中心关键储备设施火灾安全与应急技术基础研究实验室

国家文物局重点科研基地（1）

• 空间信息技术在文化遗产保护中的应用研究国家文物局重点科研基地（清华大学）

国家中医药管理局中医药科研三级实验室（1）

• 中药化学实验室

国家药品监督管理局重点实验室（1）

• 创新药物研究与评价重点实验室

国家药品监督管理局药物警戒信息技术与数据科学创新中心（1）

• 国家药品监督管理局药物警戒信息技术与数据科学创新中心

北京高等学校高精尖创新中心（1）

• 集成电路高精尖创新中心

北京实验室（3）

• 生物医学检测技术及仪器北京实验室

• 环境前沿技术北京实验室

• 脑与认知智能北京实验室

北京前沿研究中心（1）

• 北京生物结构前沿研究中心

怀柔科学城（1）

• 空地一体环境感知与智能响应研究平台

北京市重点实验室（19）

• 传热与能源利用北京市重点实验室

• 绿色反应工程与工艺北京市重点实验室

• 膜材料与工程北京市重点实验室

• 蛋白质药物北京市重点实验室

• 精细陶瓷北京市重点实验室

• 精密超精密制造装备及控制北京市重点实验室

• 二氧化碳资源利用与减排技术北京市重点实验室

• 网络多媒体北京市重点实验室

• 城市综合应急科学北京市重点实验室

• 微量分析测试方法与仪器研制北京市重点实验室

• 生物制造与快速成形技术北京市重点实验室

• 核检测技术北京市重点实验室

• 多维多尺度计算摄像北京市重点实验室

• 新兴有机污染物控制北京市重点实验室

• 首都区域空间发展北京市重点实验室

• 室内空气质量评价与控制北京市重点实验室

• 放射性废物处理北京市重点实验室

• 工业大数据系统与应用北京市重点实验室

• 慢性疾病的免疫学研究北京市重点实验室

北京市工程实验室（1）

• 电子商务交易技术北京市工程实验室

北京市（高等学校）工程研究中心（8）

• 北京市集中生物燃气利用工程技术研究中心

• 北京市多模态医学影像工程技术研究中心

• 可视媒体智能处理与内容安全北京高等学校工程研究中心

• 铁路客运服务系统北京市工程研究中心

• 北京市无线医疗与健康工程技术研究中心

• 北京市生物燃料工程技术研究中心

• 北京市盐碱及荒漠化地区生态修复与固碳工程技术研究中心

• 北京市钢与混凝土组合结构工程技术研究中心

北京市哲学社会科学研究基地（2）

• 清华大学应急管理研究基地

• 北京廉政建设研究基地

首都高端智库试点单位（1）

• 清华大学城市治理与可持续发展研究院

北京市组织学习与城市治理创新研究中心（1）

• 北京市组织学习与城市治理创新研究中心

首都精神文明建设研究基地（1）

• 首都网络文明研究基地

北京高校中国特色社会主义理论研究协同创新中心（1）

• 北京高校中国特色社会主义理论研究协同创新中心

北京市中西医结合研究所（1）

• 北京市中医药交叉研究所

北京人文社会科学研究中心（1）

• 人工智能治理研究中心

机械工业重点（工程）实验室（1）

• 机械工业并混联机构及控制实验室

中国文艺评论基地（1）

中国文艺评论基地