根据《清华大学科研机构管理规定》，清华大学科研机构根据其批准设立的主体不同，分为三类，包括政府批建机构、学校自主设立机构和学校与校外独立法人单位联合共建机构。

截至2025年3月31日，清华大学正在运行的校级科研机构共403个。