截至2023年4月23日，我校在运行的学校自主设立的科研机构共135个，分别如下：

建筑学院（5）

· 清华大学建筑与城市研究所

· 清华大学恒大研究院

· 清华大学中国新型城镇化研究院

· 清华大学国家公园研究院

· 清华大学中国城市研究院

土木工程系（1）

· 清华大学交通研究所

环境学院（5）

· 清华大学环境科学与工程研究院

· 清华大学持久性有机污染物研究中心

· 清华大学战略环境评价研究中心

· 清华大学生态文明研究中心

· 清华大学水质与水生态研究中心

精密仪器与机械学系（2）

· 清华大学微米纳米技术研究中心

· 清华大学类脑计算研究中心

能源与动力工程系（1）

· 清华大学燃烧能源中心

工业工程系（2）

· 清华大学质量与可靠性研究院

· 清华大学工业文化研究院

电机工程与应用电子技术系（1）

· 清华大学能源互联网创新研究院

电子工程系（1）

· 清华大学国际纳米光电子学研究中心

计算机科学与技术系（3）

· 清华大学密码理论与技术研究中心

·

· 清华大学高性能计算研究中心

· 清华大学互联网司法研究院

航天航空学院（1）

· 清华大学微纳米力学与多学科交叉创新研究中心

工程物理系（2）

· 清华大学公共安全研究院

· 清华大学高能物理研究中心

化学工程系（2）

· 清华大学化工科学与技术研究院

· 清华大学循环经济研究院

材料学院（1）

· 清华大学材料科学与工程研究院

物理系（3）

· 清华大学原子分子纳米科学研究中心

· 清华－富士康纳米科技研究中心

· 清华大学量子科学与技术研究中心

生命科学学院（2）

· 清华大学合成与系统生物学研究中心

· 清华－IDG麦戈文脑科学联合研究院

地球系统科学系（1）

· 清华大学全球变化研究院

·

高等研究院（1）

· 清华大学两岸发展研究院

经济管理学院（13）

· 清华大学中国经济研究中心

· 清华大学中国财政税收研究所

· 清华大学中国经济社会数据研究中心

· 清华大学中国企业成长与经济安全研究中心

· 清华大学全球共同发展研究院

· 清华大学产业创新与金融研究院

· 清华大学二十国集团创业研究中心

· 清华大学全球私募股权研究院

· 清华大学中国现代国有企业研究院

· 国家统计局－清华大学数据开发中心

· 清华大学全球证券市场研究院

· 清华大学国有资产管理研究院

· 清华大学绿色经济与可持续发展研究中心

公共管理学院（17）

· 清华大学21世纪发展研究院

· 清华大学台湾研究院

· 清华大学中国科技政策研究中心

· 清华大学中国发展规划研究院

· 清华大学产业发展与环境治理研究中心

· 清华大学国情研究院

· 清华大学中国农村研究院

· 清华大学公益慈善研究院

· 清华大学政府和社会资本合作研究中心

· 清华大学中国社会风险评估研究中心

· 清华大学互联网治理研究中心

· 清华大学全球可持续发展研究院

· 清华大学纪检监察研究院

· 清华大学服务经济与数字治理研究院

· 清华大学青少年德育研究中心

· 清华大学科技发展与治理研究中心

· 清华大学区域发展研究院

五道口金融学院（2）

· 清华大学国家金融研究院

· 清华大学金融科技研究院

法学院（3）

· 清华大学国家治理研究院

· 清华大学智能法治研究院

· 清华大学国际争端解决研究院

新闻与传播学院（6）

· 清华大学国际传播研究中心

· 清华大学伊斯雷尔·爱泼斯坦研究中心

· 清华大学国家形象传播研究中心

· 清华大学文化创意发展研究院

· 清华大学马克思主义新闻学与新闻教育改革研究中心

· 清华大学影视传播研究中心

人文学院（6）

· 清华大学道德与宗教研究院

· 清华大学人文与社会科学高等研究所

· 清华大学马克思恩格斯文献研究中心

· 清华大学世界文学与文化研究院

· 清华大学文学创作与研究中心

· 清华大学中国经学研究院

社会科学学院（12）

· 清华大学国际关系研究院

· 清华大学科学技术与社会研究中心

· 中国科协－清华大学科技传播与普及研究中心

· 清华大学华商研究中心

· 清华大学－中科院学部科学与社会协同发展研究中心

· 清华大学社会网络研究中心

· 清华大学创新发展研究院

· 清华大学全球产业研究院

· 清华大学一带一路战略研究院

· 清华大学战略与安全研究中心

· 清华大学社会治理与发展研究院

· 清华大学中国经济思想与实践研究院

体育部（2）

· 清华大学体育与健康科学研究中心

· 清华大学体育发展研究院

美术学院（6）

· 清华大学艺术与科学研究中心

· 清华大学吴冠中艺术研究中心

· 清华大学张仃艺术研究中心

· 清华大学中国古文字艺术研究中心

· 清华大学韩美林艺术研究中心

· 清华大学奥林匹克艺术研究中心

土木水利学院（4）

· 清华大学跨境河流水与生态安全研究中心

· 清华大学恒隆房地产研究中心

· 清华大学未来城镇与基础设施研究院

· 清华大学海洋工程研究院

万科公共卫生与健康学院（1）

· 清华大学健康中国研究院

核能与新能源技术研究院（1）

· 清华大学能源环境经济研究所

·

教育研究院（3）

· 清华大学工程教育研究中心

· 清华大学－长水学习与人类发展研究院

· 清华大学研究生教育研究中心

深圳国际研究生院（2）

· 清华大学海洋技术研究中心

· 清华大学港澳研究中心

医学院（2）

· 清华大学免疫学研究所

· 清华大学医院管理研究院

临床医学院（1）

· 清华大学精准医学研究院

其他 （11）

· 清华大学中国工程科技发展战略研究院

· 清华大学国强研究院

· 清华大学药品监管科学研究院

· 清华大学日本研究中心

· 清华大学无障碍发展研究院

· 清华大学气候变化与可持续发展研究院

· 清华大学智能社会治理研究院

· 清华大学国家治理与全球治理研究院

· 清华大学人工智能国际治理研究院

· 清华大学网络行为研究所

· 清华大学国学研究院

跨学科交叉机构 （9）

· 清华大学脑与智能实验室

· 清华大学未来实验室

· 清华大学智能产业研究院

· 清华大学智能网联汽车与交通研究中心

· 清华大学智能无人系统研究中心

· 清华大学脑与认知科学研究院

· 清华大学医工交叉研究院

· 清华大学人工智能研究院

清华大学大数据研究中心